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LncRNA测序

项目介绍

lncRNAs是一类长度大于200 nt的非编码RNA,广泛存在于各种生物体内,在表观遗传、转录以及转录后等多种水平上对生命活动进行关键性的调控。
lncRNA测序检测lncRNA的表达水平,识别新的lncRNA,可以有效地解析lncRNA参与生物过程的分子机制,也可作为疾病诊断的标志物或是重要靶点。



技术优势

去除rRNA和链特异性文库构建方案,

保留完整的lncRNAmRNA序列, 以及序列方向性,

系统全面的对lncRNAmRNA表达定量和结构分析,

开展lncRNAmRNA的关联分析,深入分析lncRNA调控网络



科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
LNCrna测序.png

样本要求:Total RNA: >= 3 ug;样品浓度>150 ng/ulRIN≥7; DNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:12G

信息分析

基于lncRNAmRNA基因结构和基因表达水平分析

lncRNA进行准确筛选及高效预测靶基因,

lncRNAmRNA的比较分析、共表达网络构建,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘




分析内容

LNC-RNASEQ.png








用心服务好每一个项目

已完成人、小鼠等物种进行lncRNA转录组测序分析,

丰富的lncRNA转录组与甲基化数据多组学关联分析经验

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目。


图片 2.png


LncRNA测序常见问题

Q1:哪些物种可以研究WGBS?

1)物种具有参考基因组,至少拼接到scaffold水平;具有较为完整的注释;

2)在项目开始之前需要考虑以下因素:

a) 是否为低甲基化率的物种;

b) 基因组是否存在复杂因素例如,很多植物基因组存在多倍体及大量的转座子和重复区域等;

Q2:全基因组甲基化测序有哪些优势?

在全基因组水平,单碱基分辨率检出甲基化位点,不仅能够高精度发现CpG岛等常见区域的甲基化水平的变化,还能够分析gene body区,基因间区等区域的甲基化水平的差异,分析甲基化对染色体的状态以及基因结构变化的影响,从多维度分析解决生物学问题,因此,全基因组甲基化测序是研究甲基化最有力的方案。

Q3:哪些因素会影响实验结果?

样品DNA质量、Bisulfite处理、测序深度、测序质量等都会影响到最终的结果。

Q4:可以对无参考基因组的物种进行Bisulfite研究吗?

Bisulfite-Seq强烈依赖基因组的完成程度,基因组质量的好坏直接影响后续的分析结果,因此更适合有完整基因组信息的物种。

Q5Bisulfite的转化率是多少?

Bisulfite转化率达到99%以上;一般通过加入没有甲基化化修饰的lambda DNA来质控Bisulfite的转化率。




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